Az agroökológia célja a természeti környezettel összhangban működő mezőgazdasági termelés és társadalmilag fenntartható, méltányos élelmezési rendszerek megteremtése.

Az agroökológia egyszerre tudományos irányzat, gyakorlatok és társadalmi törekvések összessége. Az iparosodott mezőgazdaság által okozott problémákra válaszként kezdett teret hódítani. Tudományos alapjai az agronómia, az ökológia, a társadalomtudományok és a közgazdaságtan területein találhatók.

Az agroökológia tudománya az élelmezési rendszerek környezeti, társadalmi és gazdasági összefüggéseit tárja fel. Az agroökológiai kutatások a gazdaságok szintjéről indultak, de mára az élelmezési rendszerek szintjére is kiterjednek; nemcsak az agrárium, hanem a társadalmi szinteken is a szereplők közötti kölcsönhatásokat keresik és erősítik. A kutatási kérdések cselekvésorientáltak és a gazdák részvételén is alapulnak, ezzel a hagyományos akadémiai kutatás lehetőségein ill. céljain túlmutatnak. A tudományterületeken átívelő kutatási módszereken belül a helyi, népi és hagyományos ismereteket is alkalmazzák.

Az agroökológia gyakorlatát alkalmazó mezőgazdaságban elsődleges szempont a természetes folyamatokra és kölcsönhatásokra támaszkodó termelés, amely független a külső, nem fenntartható erőforrásoktól. Ennek célja nem csupán az egészséges, vegyszermentes élelem előállítása, hanem a talaj, a víz, az élő környezet védelme is. Az agroökológiai gyakorlata többek között a biogazdálkodásból, a regeneratív mezőgazdaságból, a permakultúrából, az agrárerdészetből és a mezőgazdasági hagyományok eszköztárából épül fel. Merev előírások helyett a helyi környezeti, gazdasági és társadalmi körülményekhez való alkalmazkodást tartja szem előtt, és ez változatos gazdálkodási módokat eredményez. Az agroökológia elvei az egész élelmezési rendszerre is alkalmazhatók: beletartozik az élelmiszerek szállítási távolságának csökkentése, a termelés, értékesítés és a fogyasztás során keletkező élelmiszerhulladék mennyiségének csökkentése, a helyi piacok és hagyományos étkezési szokások erősítése is.

Az agroökológiai értékesítési gyakorlatok közé tartozik például a közösség által támogatott mezőgazdaság (Community Supported Agriculture - CSA) és a részvételi minőségbiztosítási rendszerek (Participatory Guarantee Systems -PGS).

Társadalmi törekvésként az agroökológia a mezőgazdasági sokféleségért, a társadalmi igazságosságért, az élelmiszer-biztonság és élelem-önrendelkezés kialakításáért és a vidéki megélhetés javításáért küzd.

Az agroökológiai civil kezdeményezések világszerte elsősorban a kisléptékű termelők, valamint fogyasztók jogaiért dolgoznak , többek között az alábbi területeken: a természetes erőforrásokhoz - például a termőföldhöz, vizekhez és a vetőmagokhoz - való igazságos hozzáférés; az élelmiszerbiztonság és az élelem-önrendelkezés megteremtése; a globális cégekkel, és az ipari mezőgazdálkodással szemben a helyi közösségek érdekeit előtérbe helyező élelmezési rendszerek megteremtése.

A fenntartható élelmiszer-rendszerek elengedhetetlen részei a vidéki életminőség, a társadalmi egyenlőség, az egyéni és közösségi jólét szempontjából. Az agroökológia a gyakorlatban a méltóság, az egyenlőség, a befogadás és az igazságosság társadalmi értékeinek megvalósítását tartja szem előtt. Az agroökológiai élelmiszer-rendszerben a központi helyet a hagyományos gazdálkodásban az értéklánc legkiszolgáltatottabb tagjai, az élelmiszertermelők és a fogyasztók foglalják el. Az agro-ökoszisztémák kezeléséhez szükséges önállóság és alkalmazkodás feltételeinek megteremtésével az agroökológiai rendszerek segítenek leküzdeni a helyi közösségeknek a szegénység és az éhezés problémáit, így az emberi jogok megvalósulásához is hozzájárulnak, miközben a környezetet is megóvják, annak állapotát javítják.