Az agroökológia célja a természeti környezettel összhangban működő mezőgazdasági termelés és társadalmilag fenntartható, méltányos élelmezési rendszerek megteremtése.

Az agroökológia egyszerre tudományos irányzat, gyakorlatok és társadalmi törekvések összessége. Az iparosodott mezőgazdaság által okozott problémákra válaszként kezdett teret hódítani. Tudományos alapjai az agronómia, az ökológia, a társadalomtudományok és a közgazdaságtan területein találhatók.

Az agroökológia tudománya az élelmezési rendszerek környezeti, társadalmi és gazdasági összefüggéseit tárja fel. Az agroökológiai kutatások a gazdaságok szintjéről indultak, de mára az élelmezési rendszerek szintjére is kiterjednek; nemcsak az agrárium, hanem a társadalmi szinteken is a szereplők közötti kölcsönhatásokat keresik és erősítik. A kutatási kérdések cselekvésorientáltak és a gazdák részvételén is alapulnak, ezzel a hagyományos akadémiai kutatás lehetőségein ill. céljain túlmutatnak. A tudományterületeken átívelő kutatási módszereken belül a helyi, népi és hagyományos ismereteket is alkalmazzák.