Az agroökológia célja a természeti környezettel összhangban működő mezőgazdasági termelés és társadalmilag fenntartható, méltányos élelmezési rendszerek megteremtése.

Ez a viszonylag újkeletű, interdiszciplinális mezőgazdasági irányzat egyszerre tudományos módszertan, gyakorlatok és társadalmi törekvések összessége. Az iparosodott mezőgazdaság által okozott problémákra válaszként kezdett teret hódítani. Tudományos alapjai az agronómia, az ökológia, a társadalomtudományok és a közgazdaságtan területein találhatók.

Az agroökológia tudománya az élelmezési rendszerek környezeti, társadalmi és gazdasági összefüggéseit tárja fel. Az agroökológiai kutatások a gazdaságok szintjéről indultak, de mára az élelmezési rendszerek szintjére is kiterjednek; nemcsak az agrárium, hanem a társadalmi szinteken is a szereplők közötti kölcsönhatásokat keresik és erősítik. A kutatási kérdések cselekvésorientáltak és a gazdák részvételén is alapulnak, ezzel a hagyományos akadémiai kutatás lehetőségein ill. céljain túlmutatnak. A tudományterületeken átívelő kutatási módszereken belül a helyi, népi és hagyományos ismereteket is alkalmazzák.